El impacto del retorno de paja de maíz (Bt) en el ecosistema del suelo ha atraído una atención significativa. En este estudio, tomando el maíz convencional homólogo 5422 como control, exploramos los efectos del retorno de la paja de maíz Bt (5422Bt1 y 5422CBCL) después de cinco ciclos consecutivos en los nutrientes del suelo, actividades enzimáticas y comunidades microbianas. Los resultados mostraron que en el tratamiento 5422Bt1, los niveles de fósforo disponible (AP), nitrógeno total (TN) y actividades de enzimas de sacarosa (SUC) aumentaron significativamente. En el tratamiento 5422CBCL, la materia orgánica (OM), el nitrógeno alcalino (AN) y los contenidos de AP, así como las actividades de SUC y fosfatasa ácida (ACP), disminuyeron significativamente, mientras que los contenidos de potasio disponible (AK) y TN aumentaron significativamente. A través de la secuenciación de alto rendimiento de Illumina, se encontró que la abundancia de OTU de hongos y bacterias del suelo cambió después del retorno de la paja, y no hubo diferencias significativas en la diversidad alfa (alfa-diversidad) entre los tres tratamientos. El análisis de redundancia (RDA) indicó que los nutrientes del suelo y las actividades enzimáticas también afectan a las comunidades microbianas del suelo. En resumen, el retorno de la paja de maíz Bt afecta a los nutrientes del suelo, a las actividades enzimáticas y a la estructura de las comunidades microbianas. En general, este estudio reveló el impacto del retorno continuo de la paja de maíz Bt en el ecosistema del suelo, proporcionando una base teórica para estudios posteriores.