Las emisiones de gases de efecto invernadero en la agricultura pueden reducirse mediante el cultivo de variedades con menor huella de carbono. Considerando la hipótesis de que existen diferencias en la respiración del suelo debido a las características fisiológicas y morfológicas del trigo y la cebada, el objetivo de este estudio es evaluar las tasas de respiración del suelo y el microclima bajo diferentes tipos de cobertura (suelo desnudo, trigo y cebada) y variedades (cuatro de cebada y cuatro de trigo). La respiración del suelo se determinó mediante el método de cámara estática cerrada in situ en la Croacia continental, durante la temporada 2020/2021. El patrón estacional de la respiración del suelo fue similar para todas las variedades, aumentando con las etapas de desarrollo del cultivo hasta la madurez, momento en el que disminuyó hasta la cosecha. El tipo de cobertura no tuvo influencia en el microclima del suelo, pero sí en la respiración del suelo. El suelo desnudo tuvo tasas de respiración anuales significativamente más bajas en comparación con las coberturas de cebada/trigo. Las tasas de respiración anuales promedio fueron similares entre las coberturas de cebada y trigo, así como entre todas las variedades de cebada estudiadas. Solo se ha determinado una diferencia significativa entre las variedades de trigo de invierno Renata (9.78 kg C-CO ha día) y El Nino (12.67 kg C-CO ha día). Sin embargo, es necesario determinar el presupuesto total de carbono para poder determinar la variedad más adecuada, a la luz del cambio climático.