Para explorar la contribución de los microorganismos a la función del ecosistema forestal, estudiamos la comunidad de hongos ectomicorrízicos (ECM) y bacterias del suelo de las cinco especies de árboles típicas (PM, CC, CE, CF y KC) en la Reserva Natural Nacional Junzifeng. Los resultados indicaron que la diversidad de hongos ECM y bacterias del suelo de CC y CF era similar, y las tasas de diversidad de CC y CF eran más altas que las de PM, CE y KC. y unclassified_Cortinariaceae II fueron las especies de hongos ECM más prevalentes en las cinco especies de árboles típicas, seguidas de unclassified_Cortinariaceae I y . En bacterias, los géneros bacterianos dominantes fueron , , , , , , y . Los hongos EMF y las bacterias del suelo estaban correlacionados con factores edáficos, especialmente el pH del suelo, TP y TK, causados por el desarrollo del rodal. Los resultados muestran que las características de la comunidad de hongos ECM y bacterias en las especies de árboles típicas de la Reserva Natural Nacional Junzifeng reflejan el papel crítico de los microorganismos del suelo en la estabilización de los ecosistemas forestales.