Los endófitos se aíslan de cada especie de planta investigada hasta la fecha, por lo que la coevolución del metaboloma ha estado afectando el etnobotánico de las plantas (microbiota), especialmente el uso terapéutico. Las Asteraceae cumplen con la justificación para la selección de plantas para aislar endófitos ya que la mayoría de las especies de esta familia tienen una larga tradición de uso curativo, confirmada por la farmacognosia moderna. La presente revisión recopila referencias recientes sobre las interacciones endófito-Asteraceae spp., centrándose en el perfil de metabolitos secundarios creado por ambos miembros de este sistema biológico. Los hongos endófitos asociados con las Asteraceae se han recolectado a nivel global, sin embargo, los taxa dominantes que producen compuestos bioactivos fueron específicos para las poblaciones de plantas de diferentes orígenes geográficos. La riqueza de hongos endófitos dentro de la planta huésped y la actividad biológica estaban asociadas positivamente. Además, la acción farmacológica estaba vinculada a la parte de la planta, por lo que se desarrollaron formas diferenciales de interacciones biológicas en raíces, tallos, hojas e inflorescencias entre hongos endófitos y plantas huéspedes. El análisis comparativo de la actividad terapéutica del huésped Asteraceae y/o del endófito fúngico mostró similitudes que necesitan una explicación futura a nivel del metaboloma.