Entender la composición comunitaria y la diversidad de hongos micorrícicos arbusculares (AMF) en un ecosistema agrícola es importante para explotar su potencial en la producción sostenible de cultivos. En este estudio, describimos la diversidad genética y la estructura comunitaria de AMF autóctonos en cultivares de arroz de secano en seis regiones diferentes en Ghana. Los análisis morfológicos y moleculares revelaron un total de 15 géneros diferentes de AMF aislados de raíces de arroz. y se observaron como predominantes en todas las regiones excepto la región de Ashanti, que estaba dominada por los géneros y. Una comparación de la diversidad de AMF entre las zonas agroecológicas reveló que la Sabana de Guinea tenía la mayor diversidad. El análisis de Varianza Multivariante Permutacional (PERMANOVA) indicó que el fósforo disponible (AP) en el suelo era el factor determinante principal para dar forma a la estructura comunitaria de AMF (0,05). Informamos, por primera vez, sobre la diversidad y estructura comunitaria de AMF en raíces de arroz y cómo las comunidades son afectadas por las propiedades químicas del suelo de diferentes ubicaciones en Ghana.