El cultivo de arroz es una de las actividades agroecónomicas más importantes en muchos países, y el almacenamiento correcto de semillas entre ciclos de producción es esencial para el éxito del cultivo. En Guinea-Bissau, el cultivo de arroz en manglares (MSR) es un sistema de cultivo de arroz altamente productivo, proporcionando excedentes para la venta. Dependiendo de las condiciones de almacenamiento, los granos de arroz pueden presentar humedad, insectos o el desarrollo de hongos que podrían afectar la productividad del cultivo. Considerando diferentes variedades de arroz y condiciones de almacenamiento, se recopilaron muestras de 30 agricultores en 13 aldeas en las principales regiones productoras de MSR. El arroz almacenado se utilizó para aislar e identificar hongos transmitidos por semillas a través de la secuenciación de ADN, para probar el contenido de aflatoxinas y para evaluar las tasas de germinación de semillas. Las bolsas de polietileno (el contenedor), plataformas de madera elevadas y almacenes (las estructuras) son las instalaciones más utilizadas. Los contenedores herméticos se registraron principalmente en Oio. Se encontró una riqueza fúngica total de 18 géneros, y se identificaron 16 especies diferentes. Los géneros fúngicos más representados son , y . A pesar de la presencia de muestras fúngicas productoras de aflatoxinas, no presentaron niveles preocupantes para el consumo humano, y la tasa de germinación no se vio afectada independientemente de las estructuras de almacenamiento. Estos resultados proporcionan una línea de base sobre la ocurrencia de hongos en semillas de MSR almacenadas en instalaciones tradicionales en Guinea-Bissau.