Se presume que hay una estructura filogeográfica poco marcada para especies altamente móviles en zonas pelágicas. El lago Tanganica es un ecosistema único con una fauna rica en especies y en gran parte endémica, famosa por su notable historia evolutiva. En los peces cíclidos bathybatinos, el patrón de diferenciación poblacional a lo largo del lago varía entre especies. Evaluamos la congruencia entre la estructura filogeográfica de los cíclidos bathybatinos y su gusano plano parásito para probar la hipótesis de la lupa. Además, evaluamos el uso de un enfoque PoolSeq para estudiar la variación intraespecífica en los monogeneos dactylogiridos. La estructura poblacional a lo largo del lago de ex se evaluó en base a una porción del gen 1 combinada con la caracterización morfológica. Además, se evaluó la variación mitogenómica intraespecífica entre 80 muestras de parásitos de una metapoblación espacialmente restringida utilizando NGS de tipo shotgun. Si bien no se detectó una clara estructura genética geográfica en los parásitos, tanto la variación fenotípica geográfica como la relacionada con el hospedador fueron evidentes. La incongruencia con el gradiente genético norte-sur observado en puede explicarse por el amplio rango de hospedadores de este gusano plano, que incluye especies hospedadoras bathybatinas eufelágicas que forman poblaciones panmícticas a lo largo del lago. Además, presentamos el primer mitogenoma de parásito del lago Tanganica y proponemos un marco metodológico para estudiar la variación mitogenómica intraespecífica de los monogeneos dactylogiridos.