En la industria ganadera, una acumulación excesiva de grasa subcutánea disminuye la proporción de carne magra, mientras que un contenido elevado de grasa intramuscular (IMF) se asocia con una mejora en la calidad de la carne. Sin embargo, la heterogeneidad de varios depósitos de grasa en cerdos sigue siendo incompletamente comprendida. Los análisis exhaustivos de secciones de tejido, lipidómica y transcriptómica indicaron que la madurez de la IMF era significativamente menor que la de las grasas intermusculares y subcutáneas. Identificamos 467 lípidos en total, distribuidos en 29 clases de lípidos, revelando que la IMF exhibe una composición lipídica y perfiles de transcripción únicos. Más importante aún, varios lípidos, incluidos GalCer, S1P, CL, AcCa, PC-O, PE-O y sulfátidos, están altamente enriquecidos en la grasa intramuscular y pueden desempeñar roles fundamentales en la neuromodulación, función mitocondrial, lipogénesis y señalización de membranas. En conclusión, desvelamos una composición lipídica única y vías regulatorias moleculares de la IMF porcina, ofreciendo nuevas perspectivas para la cría sinérgica que tiene como objetivo optimizar el grosor de la grasa dorsal del cerdo y el contenido de IMF.