El uso de herbicidas a base de glifosato (GBH) es ubicuo en los cultivos de campo de Quebec, aparte del manejo orgánico. Dado que el glifosato generalmente se degrada rápidamente en suelos agrícolas, el ácido aminometilfosfónico (AMPA) se produce y persiste más tiempo que el glifosato. Las aplicaciones repetidas de GBH año tras año plantean preguntas sobre la pseudo persistencia de glifosato y AMPA en los suelos y sus posibles impactos en la comunidad microbiana del suelo. Esta investigación tiene como objetivo comprender la influencia de los sistemas de cultivo y las propiedades edáficas en los contenidos de glifosato y AMPA, así como en la diversidad y composición de la comunidad microbiana del suelo en nueve campos de cultivo ubicados en el sur de Quebec (Canadá) durante 2019 y 2020. Los contenidos promedio de glifosato en el suelo (0.16 +/- 0.15 ug·g de suelo seco) fueron más bajos que los contenidos promedio de AMPA en el suelo (0.37 +/- 0.24 ug·g de suelo seco). Los contenidos de glifosato y AMPA fueron significativamente más bajos en los sitios cultivados bajo manejo orgánico que en el manejo convencional. En los sitios convencionales, las dosis acumulativas de GBH tuvieron un efecto significativo en los contenidos de glifosato medidos al final de la temporada de crecimiento, pero no en los contenidos de AMPA en el suelo. Los sitios con mayores aplicaciones de GBH parecen acumular glifosato con el tiempo en el horizonte del suelo de 0-40 cm. Los contenidos de glifosato y AMPA en el suelo son inversamente proporcionales al pH del suelo. La diversidad alfa y beta, así como el potencial funcional de las comunidades procariontes y fúngicas del suelo, no se vieron afectadas por las dosis acumulativas de GBH, sino más bien por las propiedades químicas del suelo, la textura del suelo, la rotación de cultivos y los aportes de estiércol.