El cacao es una planta de sotobosque cultivada en monocultivos a pleno sol, sistemas agroforestales multestrata, donde los árboles de cacao se plantan junto con árboles frutales, maderables, de leña y leguminosas, o dentro de bosques nativos adelgazados. En sistemas agroforestales de cultivo, el cacao se ve sometido a sombra excesiva debido a la alta densidad, al crecimiento excesivo y a la poda no gestionada de los árboles de sombra. El cacao es tolerante a la sombra, y la tasa máxima de fotosíntesis ocurre a una irradiancia de alrededor de 400 mol m s. Sin embargo, la sombra excesiva reduce aún más la irradiancia, lo que es perjudicial para la fotosíntesis y las funciones de crecimiento. Se sabe que existe variación intraespecífica en el cacao para la irradiancia de saturación requerida. Se implementó un estudio de invernadero con 58 genotipos de cacao seleccionados de cuatro grupos geográficamente diversos: (i) cacao silvestre de cuencas fluviales de la Amazonía peruana (PWC); (ii) colección de agricultores peruanos (PFC); (iii) colección de cacao brasileño (BCC); y (iv) colecciones de cacao nacionales e internacionales (NIC). Todos los genotipos de cacao fueron sometidos a sombra del 50% y 80% donde la densidad de flujo de fotones fotosintéticos (PPFD) fue de 1000 y 400 mol m s, respectivamente. Se observaron variaciones intraespecíficas para el crecimiento, rasgos fisiológicos y nutricionales, y tolerancia a la sombra. Los genotipos de cacao tolerantes a la sombra fueron: UNG-77 y UGU-130 de PWC; ICT-2173, ICT-2142, ICT-2172, ICT-1506, ICT-1087 e ICT-2171 de PFC; PH-21, CA-14, PH-990 y PH-144 de BCC; e ICS-1, ICS-39, UF-613 y POUND-12 de NIC. Los genotipos que toleran la sombra excesiva pueden ser tipos de plantas útiles para mantener la productividad y sostenibilidad en los sistemas agroforestales de manejo del cacao.