El objetivo del estudio fue investigar los efectos del alojamiento (cama profunda + suelo de concreto frente a cama profunda + suelo natural con posibilidad de excavar madrigueras) y el genotipo (Mecklenburg o Hyplus) sobre el comportamiento agresivo, los contactos sociales, las lesiones de las hembras y los gazapos, y la mortalidad de la progenie. Doce grupos de seis hembras de conejo (n = 72) fueron asignados a cuatro tratamientos (dos sistemas de alojamiento y dos genotipos). Se registraron el comportamiento agresivo de las hembras, el número de lesiones en hembras y gazapos, y la mortalidad postnatal de los gazapos. Los efectos del alojamiento y el genotipo se probaron utilizando modelos GLMM multivariantes. Encontramos que el tratamiento de alojamiento en interacción con el genotipo tuvo un efecto significativo en los comportamientos agresivos en hembras alojadas en grupo ( = 14.34, = 0.0003), donde la menor incidencia de agresión se observó en las hembras Mecklenburg alojadas en suelo natural. La reducción de la agresión se reflejó en un menor número de lesiones en las hembras ( = 10.51, < 0.0001), el número de lesiones en gazapos y la mortalidad de gazapos ( = 4.59, < 0.0001, = 43.94, < 0.0001). Los resultados indican que la combinación adecuada de genotipo y alojamiento debe ser cuidadosamente considerada para la cría con el fin de reducir la agresión y las lesiones en hembras alojadas en grupo.