La blancura de los granos de arroz (WRG) es un indicador clave de la calidad de apariencia, que impacta directamente su valor comercial. El rasgo es cuantitativo, influenciado por múltiples factores, y hasta la fecha no se han clonado genes específicos. En este estudio, primero examinamos la correlación entre la blancura del arroz pulido, el arroz cocido y la harina de arroz, encontrando que la blancura de la harina de arroz se correlacionó significativamente con el arroz pulido y el arroz cocido. Así, se eligió la blancura de la harina de arroz como el indicador de WRG en nuestro análisis de QTL. Utilizando un conjunto de líneas de sustitución de segmentos cromosómicos (CSSL) con arroz Koshihikari como receptor y arroz Nona Bokra como donante, analizamos los QTL para WRG en dos ambientes de crecimiento e identificamos seis QTL de WRG. Notablemente, en el cromosoma 9 se mostraron efectos genéticos estables en ambos ambientes. A través del mapeo por superposición de segmentos cromosómicos, se redujo a una región de 1.2 Mb. Además, una población segregante BCF confirmó que el bajo WRG era un rasgo dominante gobernado por el QTL mayor, con una proporción de segregación de bajo a alto WRG aproximándose a 3:1, consistente con la herencia mendeliana. Un análisis adicional de la calidad del grano en la población BCF reveló que los granos de arroz que portaban el alelo tipo no solo exhibieron un WRG más bajo, sino que también tenían un contenido de proteína significativamente más alto. Estos hallazgos apoyan el mapeo fino del gen candidato y proporcionan un QTL importante para mejorar la calidad del grano de arroz a través de la mejora genética.