La altura de la planta de tabaco (L.) (PH) es un rasgo de arquitectura de planta biológicamente importante vinculado al rendimiento y controlado por poligenes. Sin embargo, hay información limitada disponible sobre los nucleótidos de rasgos cuantitativos (QTNs), alelos y genes candidatos. La altura de la planta de 94 accesiones de tabaco y sus 126,602 SNPs se midieron para llevar a cabo un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) utilizando cuatro modelos de múltiples loci (ML) y dos modelos de un solo loci (SL) para comprender mejor su base genética. Los modelos ML y SL detectaron 181 y 29 QTNs, respectivamente, en cuatro ambientes/BLUP; los puntajes LOD variaron de 3.01 a 13.45, y la varianza fenotípica explicada (PVE) varió de 0.69 a 25.37%. Cincuenta y dos QTNs novedosos y estables fueron detectados en al menos dos métodos y/o dos ambientes/BLUP, con un PVE de 0.64 a 24.76%. Entre estos, 49 QTNs mostraron diferencias fenotípicas significativas entre dos alelos; la distribución de alelos élite y alternativos para cada acceso varió de 3 a 42 y de 6 a 46, respectivamente, en la población de mapeo. Siete combinaciones cruzadas en dos direcciones fueron predichas utilizando alelos de QTNs validados, incluyendo Qinggeng x KY14 para plantas más altas y RG112 x VA115 para plantas más cortas. Identificamos 27 genes candidatos en la cercanía de 49 QTNs estables basados en genómica comparativa, ontología génica (GO) y análisis de enriquecimiento de KEGG, incluyendo , (), (), , , , y Este es el primer estudio en utilizar genotipificación por secuenciación (GBS) de SNPs para determinar QTNs, genes candidatos potenciales y alelos asociados con la altura de la planta. Estos hallazgos podrían proporcionar una nueva vía para investigar los QTNs en el tabaco combinando mapeo de asociación SL y ML y bases sólidas para la genómica funcional, la base genética y la cría molecular para PH en el tabaco.