Se sabe que el frijol mungo es susceptible al estrés por encharcamiento (WL). Algunas de las especies silvestres tienen el potencial de tolerar esto a través de varios mecanismos fisiológicos y moleculares. (ARF) y (AUX/IAA), una familia de genes de respuesta temprana, tienen múltiples funciones en el crecimiento, desarrollo y tolerancia al estrés. Aquí, informamos el primer análisis integral de la familia de genes ARF y AUX/IAA en el frijol mungo. Se identificaron un total de 26 genes ARF y 19 genes AUX/IAA del genoma del frijol mungo. Los candidatos ARF y AUX/IAA se agruparon claramente en dos clados principales. Además, la subagrupación dentro de los clados principales indicó la presencia de una diversidad significativa. La estructura del gen, el análisis de motivos y la caracterización de proteínas proporcionaron pistas para futuras investigaciones fundamentales. De los 10 genes candidatos seleccionados, se encontró que algunos mostraban una expresión génica significativamente multiplicada en la región del hipocótilo de parientes silvestres tolerantes al WL (PRR 2008-2), lo que proporciona una nueva perspectiva sobre su papel en la inducción de la formación de raíces laterales bajo estrés por WL. El análisis proporciona una visión sobre la diversidad estructural de los genes ARF y AUX/IAA en el frijol mungo. Estos resultados aumentan nuestra comprensión de los genes ARF y AUX/IAA y, por lo tanto, ofrecen información sólida para investigaciones funcionales, que se pueden llevar a cabo en el futuro y formarán una base para mejorar la tolerancia contra el estrés por encharcamiento.