Para proponer estrategias de cría para condiciones de sequía, investigamos la expresión génica asociada con rasgos morfofisiológicos en cuatro líneas puras de maíz palomero S7 (var.) utilizando un diseño de cruz dialélica parcial con dos probadores. Evaluamos rasgos morfológicos (altura de la planta; masa seca de tallos, hojas y órganos reproductivos; y densidad de peso de raíces (RWD) en cinco secciones de suelo), indicadores de estado hídrico (contenido de agua en hojas, evapotranspiración acumulada, eficiencia agronómica en el uso del agua y firmas de isótopos de carbono), rasgos anatómicos (número e índice estomáticos) y pigmentos foliares. Se observaron variaciones significativas entre líneas e híbridos para la altura de la planta, rasgos de biomasa de la parte aérea, indicadores de estado hídrico y RWD en todas las secciones de suelo, especialmente bajo condiciones de déficit hídrico. En general, las líneas puras se vieron más afectadas por la sequía que los híbridos. Los efectos génicos de dominancia jugaron un papel significativo en el aumento del contenido de antocianinas, la evapotranspiración acumulada, las firmas de isótopos de carbono estables y el RWD en la mayoría de las secciones de suelo. La mejor utilización del agua observada en los híbridos en comparación con las líneas puras sugiere que aprovechar la heterosis es probablemente la estrategia más efectiva para desarrollar plantas de maíz palomero resistentes a la sequía.