Modificar el suelo salino- alcalino es crucial para garantizar la seguridad alimentaria y expandir la tierra cultivable. Los microorganismos desempeñan un papel clave en impulsar diversos procesos bioquímicos en los ecosistemas agrícolas. Sin embargo, existe información limitada sobre los cambios en la comunidad microbiana y la estructura del suelo en suelo salino- alcalino de soda en condiciones modificadas. En este estudio, examinamos los cambios en las propiedades fisicoquímicas del suelo salino- alcalino alterado por el cultivo de arroz solo y por la aplicación combinada de fosfoyeso en la Llanura de Songnen. Los resultados demostraron que el fosfoyeso mejoró significativamente las propiedades fisicoquímicas del suelo; redujo notablemente la salinidad y alcalinidad mientras mejoraba la estructura de los nutrientes. Además, la eficiencia de utilización de carbono (C), nitrógeno (N) y fósforo (P) aumentó. La diversidad de la comunidad fúngica también mejoró significativamente, influenciada principalmente por el contenido de agua en el suelo (SWC), carbono orgánico total (TOC), materia orgánica del suelo (SOM), nitrógeno total (TN) e ion sodio (Na). TOC, SOM, TN, ESP y Na actuaron como los principales impulsores que afectan a la comunidad fúngica. Nuestros hallazgos indican que combinar el cultivo de arroz con la aplicación de fosfoyeso modifica eficazmente el suelo salino- alcalino, regula la estructura de la comunidad fúngica y mejora la salud del suelo a largo plazo. Además, los efectos beneficiosos del fosfoyeso en el suelo salino- alcalino persisten durante varios años, en gran parte debido a su papel en promover el crecimiento de la comunidad microbiana.