(1) Antecedentes: Mejorar la eficiencia alimentaria y la vitalidad del sistema reproductivo en la etapa final del período de puesta de huevos es de gran importancia para prolongar el ciclo de puesta y mejorar la calidad del huevo. En el presente estudio, se eligió un nuevo flavonoide, que fue extraído de hojas, para investigar sus efectos en el rendimiento productivo y la calidad del huevo de gallinas ponedoras en la etapa tardía. (2) Métodos: Un total de 360 gallinas ponedoras Hy-Line Brown de 500 días fueron divididas aleatoriamente en un grupo de tratamiento de control (sin suplementación de KLF) y grupos que recibieron tratamientos de suplementación de KLF al 0.2%, 0.4%, 0.6%, 0.8% y 1.0%. Cada tratamiento contenía 6 réplicas, con 10 gallinas en cada réplica. Se registraron meticulosamente métricas de rendimiento productivo, incluyendo la producción diaria de huevos, el peso del huevo, el número de huevos deformes, la calidad del huevo, la densidad del huevo, el índice de forma del huevo, la resistencia de la cáscara, el color de la yema y la unidad Haugh, para cada réplica. Además, se investigaron las comunidades microbianas y las expresiones génicas del hipotálamo basándose en los resultados del rendimiento productivo y la calidad del huevo. (3) Resultados: La suplementación con KLF disminuyó significativamente la tasa de deformidad mientras que aumentó significativamente la resistencia de la cáscara de huevo en la fase final ( < 0.05). Específicamente, las gallinas suplementadas con 0.6% de KLF presentaron la tasa más baja de huevos deformes. La suplementación con KLF aumentó significativamente las abundancias relativas de sp., sp., sp. y sp., mientras que disminuyó significativamente sp. y sp. ( < 0.05). Además, el análisis interactivo mostró que la expresión génica del hipotálamo interactuó principalmente con probióticos, como sp. y sp., a través de la biogénesis de ribosomas, el transporte nucleocitoplasmático y las vías de señalización de cAMP. (4) Conclusiones: Los hallazgos del presente estudio indican que la suplementación con KLF proliferó significativamente probióticos, como y , que pueden haber interactuado además con los genes del hipotálamo, disminuyendo así la tasa de deformidad mientras aumentaban la resistencia de la cáscara de huevo en la fase final.