El fruto del pan es un árbol frutal tradicional de 15 a 30 m de altura en los trópicos. No se conoce la presencia de portainjertos que controlen el tamaño en la especie. Una pequeña especie de árbol tropical, lakoocha, fue identificada recientemente como un posible portainjerto que controla el vigor, lo que confiere una reducción de más del 65% en la altura del árbol de fruto del pan. Para comprender mejor las intrigantes interacciones entre el injerto y el portainjerto involucradas en el enanismo, investigamos la acumulación de flavonoides y su regulación en los injertos de fruto del pan en respuesta a diferentes portainjertos. Con este fin, aislamos un cDNA de chalcona sintasa y un cDNA de dihidroflavonol 4-reductasa bifuncional de longitud completa de los tallos de injertos de fruto del pan. La expresión de ambos genes se examinó durante un período de 16 a 24 meses después del injerto. Durante el desarrollo del fenotipo enano, los tallos de injertos de fruto del pan en portainjertos de lakoocha muestran aumentos significativos en el contenido total de flavonoides y muestran una expresión regulada al alza en comparación con aquellos en autoinjertos y no injertos. Hay una fuerte correlación positiva entre los niveles de transcritos y el contenido total de flavonoides en los tallos de injertos. Los niveles de transcritos no son significativamente diferentes entre los injertos en diferentes portainjertos. Este trabajo proporciona información sobre la importancia de la biosíntesis de flavonoides en el enanismo inducido por portainjertos en el fruto del pan.