Entender el impacto de la microbiota intestinal en la deposición de compuestos relacionados con el sabor, como el monofosfato de inosina (IMP) y la grasa intramuscular (IMF), en la carne de pollo es de suma importancia, aunque sigue siendo poco explorado. Por lo tanto, comparamos la microbiota intestinal en dos líneas de pollos de engorde Daheng criados selectivamente por altos y bajos niveles de IMP/IMF. Se observaron diferencias significativas en las comunidades microbianas cecales entre los dos grupos. En particular, se enriquecieron taxones bacterianos específicos, especialmente aquellos dentro de las especies, así como funciones microbianas relacionadas con el metabolismo energético y la utilización de nutrientes en los grupos de alto IMP/IMF. Además, construimos un catálogo integral de genomas bacterianos intestinales de pollo basado en genomas ensamblados de metagenomas (MAGs). Este estudio proporciona nuevas perspectivas para mejorar la calidad de la carne en la cría comercial de aves de corral.