Muchos ectotermos hibernan para aumentar sus posibilidades de supervivencia durante condiciones invernales severas. El papel de la metilación del ADN en la regulación de la expresión génica relacionada con la hibernación en ectotermos sigue siendo incierto. Aquí, empleamos la tecnología de secuenciación de bisulfito de genoma completo (WGBS) para construir un paisaje de metilación del ADN a nivel genómico en los músculos de las extremidades traseras del caimán chino durante los períodos de hibernación y actividad. Los resultados indicaron que las modificaciones de metilación eran más abundantes en sitios CG, identificando 9447 regiones diferencialmente metiladas (DMRs) y 2329 genes diferencialmente metilados (DMGs). El análisis de enriquecimiento de rutas del KEGG de los DMGs reveló un enriquecimiento significativo en rutas principales como la vía de señalización de neurotrofinas, la vía de señalización MAPK, la vía de señalización GnRH, la biosíntesis de aminoácidos y la regulación del citoesqueleto de actina, que están estrechamente relacionadas con el metabolismo de lípidos, el metabolismo energético y el metabolismo de aminoácidos. Entre estos, 412 genes diferencialmente metilados se localizaron en regiones promotoras, incluidos genes relacionados con el metabolismo energético como ATP5F1C, ATP5MD, PDK3, ANGPTL1 y ANGPTL2, y genes relacionados con la degradación por ubiquitina-proteasoma como FBXO28, FBXO43, KLHL40 y PSMD5. Estos hallazgos sugieren que la metilación en regiones promotoras puede desempeñar un papel significativo en la regulación de los mecanismos de hibernación adaptativa en el caimán chino. Este estudio contribuye a una mayor comprensión de los mecanismos epigenéticos detrás de la hibernación del caimán chino.