La intensificación de la agricultura conduce a cambios preocupantes en los agroecosistemas. Se ha realizado investigación para cerrar la brecha entre el deseo de mantener el equilibrio ecológico y la interferencia dañina con los ecosistemas. El sustrato de champiñones usado (SMS) puede convertirse en la base de un sistema agrícola que mejora la calidad del suelo. El objetivo del estudio fue evaluar el potencial del SMS para mejorar los siguientes indicadores de calidad del suelo: abundancia y actividad de microorganismos, y evaluar el impacto del SMS y el estiércol (M) en el aumento del efecto invernadero. Los terrenos fueron fertilizados con SMS, M y SMS en combinación con fertilización mineral NPK. La aplicación de SMS tuvo un efecto variado pero generalmente positivo en los parámetros estudiados, especialmente en el número de microorganismos proteolíticos, la actividad de ureasa pero también la amonificación y nitrificación. En contraste, se observó una inhibición de la actividad de proteasa. La estimulación de la mayoría de los indicadores se registró en el primer y segundo año, seguido de un debilitamiento de su efecto. M también influyó positivamente en los parámetros probados, especialmente en la nitrificación, donde este efecto duró más que para el SMS. Esto indica que la aplicación de estiércol contribuye más a la formación de productos a partir de los cuales la desnitrificación puede potencialmente generar gases de efecto invernadero.