El espacio ecológico proporciona a los seres humanos los recursos materiales y el entorno vital necesarios para la vida; es la base para la supervivencia y el desarrollo humano, y la restauración ecológica está directamente relacionada con el desarrollo sostenible de la sociedad humana. Como una importante barrera de seguridad ecológica en China, la restauración ecológica de las seis cuencas fluviales en la provincia de Yunnan afecta directamente la seguridad ecológica de las provincias circundantes y de los países vecinos. En la actualidad, aún falta investigación sobre las diferencias en la restauración ecológica entre cuencas fluviales. Por lo tanto, evaluamos las diferencias espaciotemporales en el grado de restauración ecológica en términos de patrones de ecosistemas, calidad de ecosistemas y servicios ecosistémicos en la provincia de Yunnan desde 2000 hasta 2019 y exploramos sus factores influyentes en las seis cuencas fluviales. Los resultados mostraron lo siguiente: las seis cuencas fluviales diferían en términos de cambios en los patrones de ecosistemas durante el período de 20 años, con el aumento de la proporción de ecosistemas de asentamiento en las seis cuencas fluviales. Los cambios más pronunciados en los patrones de ecosistemas ocurrieron en la cuenca del río Nu. También hubo diferencias en las prioridades de transformación de ecosistemas de las seis cuencas fluviales. Además de esto, entre los cuatro indicadores seleccionados, la cobertura vegetal fraccionada, la productividad primaria neta y la conservación del suelo aumentaron, pero la retención de agua mostró una tendencia de deterioro estable. El grado de restauración ecológica de la provincia de Yunnan en su conjunto se encuentra en un estado relativamente estable. No hay una mejora significativa ni un deterioro significativo en la región. El mejor grado de restauración ecológica de las seis cuencas fluviales es la cuenca del río Perla, con una tendencia de mejora gradual y estabilización, y la peor es la cuenca del río Nu, con un estado de deterioro gradual y estabilización. Los factores que más influyen en el Índice de Restauración Ecológica (ERI) de las seis cuencas fluviales son la tasa de cambio de precipitación anual media, la precipitación anual media, la temperatura media anual, la ingeniería ecológica y el índice de frontera. La tasa de cambio de precipitación fue el factor más importante que influyó en la restauración ecológica en las seis cuencas fluviales, mientras que el índice de frontera fue el factor más importante que influyó en las diferencias en el ERI en las seis cuencas fluviales. En el futuro, las medidas de restauración ecológica en las seis cuencas fluviales de la provincia de Yunnan deberían tener en cuenta las diferencias regionales, fortalecer la supervisión gubernamental y enfatizar el impacto de los factores fronterizos en las cuencas fluviales vecinas para promover un grado equilibrado de restauración ecológica en la provincia de Yunnan en su conjunto.