El pomace de tomate es rico en carotenoides (principalmente licopeno), los cuales están relacionados con importantes propiedades bioactivas. En general, se sabe que los carotenoides reaccionan fácilmente bajo condiciones ambientales, lo cual puede crear una barrera en la producción de componentes funcionales estables para alimentos. Este trabajo tuvo como objetivo evaluar la estabilidad de almacenamiento y la liberación in vitro de licopeno de un extracto de pomace de tomate encapsulado, y su bioaccesibilidad cuando los encapsulados fueron incorporados en yogur. Se llevaron a cabo ensayos de microencapsulación con extracto de pomace de tomate como material central y goma arábiga o inulina (10 y 20% en peso) como materiales de pared mediante secado por pulverización (160 y 200 grados Celsius). Los resultados de estabilidad de almacenamiento indican que la degradación del licopeno fue altamente influenciada por la presencia de oxígeno y luz, incluso cuando estaba encapsulado. Los estudios de liberación in vitro revelaron que el 63% del licopeno encapsulado fue liberado de las partículas de goma arábiga en fluido gástrico simulado, mientras que para las partículas de inulina, la liberación fue solo alrededor del 13%. La composición de la alimentación con 20% de inulina mostró la mejor capacidad protectora y la que permitió liberar los bioactivos preferentemente en el intestino. La bioaccesibilidad del licopeno microencapsulado añadido al yogur aumentó durante la digestión gastrointestinal simulada en comparación con el licopeno microencapsulado solo. Anticipamos un alto potencial para que las micropartículas de inulina que contienen licopeno se utilicen en formulaciones de alimentos funcionales.