La espeleoterapia es uno de los métodos no farmacológicos para el tratamiento y rehabilitación de pacientes con enfermedades respiratorias crónicas, especialmente aquellos con enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC) y asma. Por un lado, una de las supuestas principales ventajas de las cuevas espeleoterapéuticas es la baja carga microbiana en el aire y la ausencia de otros aeroalérgenos, pero por otro lado, debido a la falta de un monitoreo integral del aire, hay poca información sobre la aerobiota prístina e influenciada por el ser humano en tales entornos. El objetivo de este estudio fue evaluar los efectos antropogénicos de la espeleoterapia en la microbiota del aire e investigar su posible impacto en la salud humana en la Cueva del Hospital Seana (Eslovenia). Desde mayo de 2020 hasta enero de 2023, se recolectaron muestras de aire en la cueva antes y después de las actividades espeleoterapéuticas utilizando dos métodos diferentes de muestreo volumétrico de aire: impacto e impingement, para aislar la microbiota aérea. Junto con el muestreo, se midieron datos ambientales (CO, humedad, viento y temperatura) para explorar los efectos antropogénicos en la aerobiota. Mientras que la presencia de pacientes aumentó las concentraciones microbianas en al menos un 83.3%, otros parámetros mostraron un impacto menor o se atribuyeron a cambios estacionales. La estructura y dinámica de la microbiota aérea son similares a las de las cuevas turísticas, lo que indica la antropización de la cueva. A nivel local, se detectaron concentraciones de microorganismos cultivables superiores a 1000 UFC/m, lo que podría tener efectos negativos o impredecibles en la microbiota autóctona y posiblemente en la salud humana. Se encontró una mezcla de bacterias y hongos típicamente asociados con la microbiota humana en el aire, identificados por MALDI-TOF MS con una tasa de éxito de identificación del 90.9%. , , , y fueron identificados como indicadores fiables de la antropización de la cueva.