Se tomaron muestras de aguas profundas (4,200 m) de dos sitios hidrológicamente similares alrededor de las islas Crozet con productividades de agua superficial altamente contrastantes. El sitio M5 era característico de aguas de alta productividad (alta clorofila), mientras que el sitio M6 estaba sujeto a un régimen de baja productividad (baja clorofila) en las aguas superiores. Las muestras se incubaron durante tres semanas a 4 grados C y a presiones superficiales, con y sin nutrientes añadidos. La abundancia procariótica aumentó al menos dos veces en todas las incubaciones de agua de M5 suplementadas con nutrientes, con poca diferencia en la abundancia entre las incubaciones realizadas a presiones atmosféricas y a presiones. La abundancia solo aumentó en las incubaciones de aguas de M6 (1.6 veces) cuando se realizaron a presiones y con nutrientes añadidos. Los cambios en la estructura de la comunidad como resultado de la incubación y el enriquecimiento (medidos por perfiles de bandas DGGE y análisis filogenético) mostraron que la diversidad aumentó en las incubaciones de aguas de M5, pero disminuyó en las de aguas de M6. spp. llegó a dominar las incubaciones realizadas bajo presión, mientras que la comunidad arqueal fue dominada por en todas las incubaciones. Las comparaciones entre incubaciones atmosféricas y a presión demostraron que la composición de la comunidad se alteró significativamente y los cambios en la estructura de la comunidad en incubaciones no suplementadas a presión fueron indicativos de la pérdida de taxones funcionales como resultado de la despresurización durante la toma de muestras. El uso de incubaciones de enriquecimiento bajo condiciones ha contribuido a entender los diferentes roles desempeñados por los microorganismos en los ecosistemas de aguas profundas en regiones de baja y alta productividad.