Los nutrientes del suelo en suelos profundos son importantes para el ciclo de nutrientes y el crecimiento de las plantas. Las enmiendas orgánicas han sido ampliamente utilizadas para mejorar la salud del suelo y el rendimiento de los cultivos. Sin embargo, se sabe poco sobre los efectos de las enmiendas orgánicas en la distribución vertical de los nutrientes del suelo. Basándose en un experimento de enmienda orgánica a largo plazo de 32 años, el objetivo de este estudio fue evaluar los cambios en la distribución vertical de los nutrientes en un sistema de soja-trigo en un Vertisol. Los resultados mostraron que la aplicación de NPK con estiércol o paja aumentó significativamente el carbono orgánico del suelo (SOC), el N total, el P total, el N alcalino-hidrolizable, el P disponible y el K disponible por encima de la capa de suelo de 40 cm. Las variaciones en los micronutrientes del suelo ocurrieron principalmente por encima de la capa de suelo de 20 cm, y los contenidos más altos se observaron para NPKWS y NPKPM, respectivamente. Sin embargo, se acumularon grandes cantidades de NO-N en la profundidad de 120-200 cm con estiércol pero no con la aplicación de paja, lo que indica un alto riesgo potencial de lixiviación de nitrato en tratamientos con estiércol. Estos hallazgos sugirieron que la aplicación de enmiendas orgánicas (estiércol o paja) podría ser recomendable para mejorar los nutrientes del suelo a lo largo del perfil del suelo. La incorporación de paja podría utilizarse como una opción alternativa para la agricultura sostenible en regiones con recursos de estiércol insuficientes o lixiviación severa de nitrato.