El cultivo de arroz es una de las principales fuentes de emisiones de gases de efecto invernadero (GEI) debido a la irrigación continuamente inundada (CF), que requiere grandes volúmenes de agua. Como solución alternativa, se ha desarrollado la irrigación por inundación y sequía alternas (AWD) como estrategia de ahorro de agua. Este estudio se realizó en la Estación Experimental Agrícola (EEA) en Vista, Florida, en la región de Lambayeque ubicada en la costa norte de Perú. Así, se analizó el efecto de la irrigación AWD a diferentes profundidades (5, 10 y menos de 20 cm por debajo de la superficie) en comparación con el control CF en las emisiones de metano (CH) y óxido nitroso (NO) y el rendimiento del grano de arroz. Los tratamientos AWD redujeron las emisiones de CH en un 84% a 99%, pero aumentaron las emisiones de NO en un 66% a 273%. En términos de Potencial de Calentamiento Global (GWP), el tratamiento AWD demostró una reducción del 77% y una Eficiencia del Uso del Agua (WUE) de 0.96, afectando solo una disminución del 2% en el rendimiento del grano de arroz, que osciló entre 11.85 y 14.01. Asimismo, este estudio proporciona evidencia suficiente para la adopción de la irrigación AWD como estrategia para el uso eficiente de los recursos hídricos y la mitigación de las emisiones de GEI en el cultivo de arroz en la zona de estudio, en comparación con la irrigación continuamente inundada.