La enfermedad del moho negro (SM) afecta el crecimiento, desarrollo y metabolismo de las plantas y reduce el valor comercial y económico de los cultivos. La enfermedad SM es una de las enfermedades foliares importantes en las plantas de té. Sin embargo, los estudios sobre el efecto de la enfermedad SM en las plantas de té son raros. En este estudio, encontramos que la enfermedad SM interrumpió la morfología y estructura celular y redujo los contenidos de cafeína, teanina y catequinas en las hojas maduras de las plantas de té. El análisis del transcriptoma reveló que la enfermedad SM inhibió la biosíntesis de lignina, clorofila, catequina, cafeína y teanina y afectó las interacciones planta-patógeno en las hojas maduras de las plantas de té al downregular la expresión génica. Además, se obtuvieron dos aislados fúngicos, MTzyqA y MTzyqB, de las hojas maduras de plantas de té enfermas. Estas cepas fueron identificadas mediante análisis filogenético multigénico y crecieron epifíticamente en las hojas de las plantas de té. Las bacterias de biocontrol JT68, ZGT5 y BX1 tuvieron un efecto inhibitorio evidente sobre MTzyqA y MTzyqB. Estos resultados proporcionan una base para comprender el efecto de la enfermedad SM en las plantas de té.