El objetivo de este experimento fue explorar los efectos de la hibridación de tres vías en los microbios y metabolitos del rumen en ovejas utilizando metagenómica y metabolómica del rumen. Se seleccionaron corderos machos sanos Hu y CAH (Charolais x Australian White x Hu) de peso al nacer y edad similares para un engorde a corto plazo después de un destete intensivo para recolectar líquido ruminal para secuenciación. La diversidad de metagenómica del rumen mostró que las ovejas Hu y CAH estaban significativamente segregadas a nivel de especies, enzimas KEGG y familias CAZy. Además, el CAH aumentó significativamente los índices ACE y Chao1. Además, el análisis de correlación de la abundancia de los 80 principales reveló que los microorganismos estaban interrelacionados a nivel de especies, enzimas KEGG y familias CAZy. En general, el microbioma afectó significativamente a los metabolitos de las cinco principales vías, encontrándose la correlación más fuerte con el ácido succínico. Mientras tanto, los marcadores microbianos a nivel de especie afectaron significativamente a los metabolitos diferenciales del rumen. Además, los marcadores microbianos del rumen en ovejas Hu estaban en general correlacionados positivamente con metabolitos regulados a la baja y negativamente correlacionados con metabolitos regulados al alza. En contraste, los marcadores microbianos del rumen en corderos CAH estaban en general correlacionados negativamente con metabolitos regulados a la baja y positivamente correlacionados con metabolitos regulados al alza. Estos resultados sugieren que la cría cruzada de tres vías afecta significativamente a la comunidad microbiana del rumen y a la composición de metabolitos, y que existen interacciones significativas entre los microbios del rumen y los metabolitos.