Encontrar alternativas al óxido de zinc es un tema urgente para el sector de la producción porcina. Estudiamos el impacto de la degradación de los componentes bioactivos del aceite esencial de orégano (OEO) y del polvo de ajo morado (PGP) durante el almacenamiento en silos, su efecto en la morfometría del yeyuno y el íleon, y la microbiota cecal como indicadores de salud intestinal en lechones durante el periodo post-destete. También monitoreamos la resistencia antimicrobiana en el indicador comensal. Se midieron parámetros histológicos y microbiota intestinal en 140 lechones destetados a los 21 días de edad. Se utilizaron siete tratamientos dietéticos: un grupo de control negativo (dieta basal), un grupo de control positivo con ZnO (3000 mg/kg de alimento), dos grupos con OEO al 0.4% y 1.2%, respectivamente, dos grupos con PGP al 0.4% y 2%, respectivamente, y un grupo con OEO al 1.2% combinado con PGP al 2%. Cada grupo de lechones recibió el tratamiento durante siete semanas, desde el destete, antes de tomar muestras. Se midieron los perfiles de resistencia a antibióticos en 81 cepas. En esta ocasión, solo se utilizaron los grupos de control, ZnO, OEO 1.2%, PGP 2% y OEO 1.2% + PGP 2%, y las muestras se obtuvieron del contenido cecal. Se observó una pérdida progresiva de los componentes bioactivos de OEO y PGP durante los 34 días de almacenamiento (< 0.05). PGP 2%, OEO 1.2% y su combinación mostraron resultados similares a ZnO (> 0.05), o superiores en el estudio de la morfometría intestinal y los valores de todas las categorías mostraron altos niveles de resistencia. Solo las cepas aisladas del grupo OEO 1.2% no mostraron resistencia a la colistina y presentaron los valores de resistencia más bajos. En general, las altas dosis de los aditivos estudiados mostraron los mejores resultados, obteniendo niveles similares o superiores a los ofrecidos por ZnO.