Los cambios climáticos provocan un aumento dramático en la temporada sin hielo en el Ártico, obligando a los osos polares a acercarse a la costa, más cerca de los asentamientos humanos asociados con nuevos objetos alimentarios no naturales. Tal dieta puede transformar crucialmente el microbioma intestinal y el metabolismo de los osos polares. El objetivo de este estudio fue caracterizar los cambios en las comunidades bacterianas y fúngicas del intestino resultantes de la transición a objetos alimentarios antropogénicos mediante la técnica de metabarcoding 16S e ITS. Así, se estudiaron muestras rectales de 16 osos polares salvajes de la subpoblación Kara-Barents. El consumo de desechos humanos resultó en un aumento significativo en la abundancia relativa de bacterias fermentativas (Lactobacillaceae, Leuconostocaceae y Streptococcaceae) y una disminución de Enterobacteriaceae proteolíticas. Sin embargo, los parámetros de alfa-diversidad permanecieron similares. Además, por primera vez, se determinó la composición de la comunidad fúngica del intestino del oso polar. El cambio de dieta está asociado con el desplazamiento de hongos eurybiónticos por hongos oportunistas. La alimentación con desechos humanos no causa signos de disbiosis y probablemente conduce a cambios adaptativos en el microbioma bacteriano. Sin embargo, la aparición de patógenos fúngicos facultativos aumenta el riesgo de infecciones.