El estrés afecta significativamente la salud, el bienestar y la productividad de los animales de granja. Realizamos un estudio longitudinal para evaluar los efectos del estrés en el rendimiento de los cerdos, el comportamiento alimentario y la composición de la microbiota fecal. Este estudio involucró a 64 cerdos Duroc durante el período de engorde, divididos en dos grupos experimentales: un grupo de estrés (32) y un grupo de control (32). Los grupos estresados tenían menos espacio y fueron mezclados dos veces durante el experimento. Monitoreamos el peso corporal, la eficiencia alimentaria, el comportamiento alimentario y la composición de la microbiota fecal. En comparación con el grupo de control, los cerdos estresados mostraron un menor peso corporal, eficiencia alimentaria, menos visitas al comedero y duraciones de comida más largas. En la microbiota fecal, se observó resiliencia, con mayores diferencias entre grupos cuando la toma de muestras estaba más cerca del estímulo estresante. Los cerdos estresados mostraron un aumento en bacterias oportunistas, como , y miembros de la familia, mientras que los cerdos de control tenían más géneros productores de butirato y propionato como , y . Nuestros hallazgos confirman que el estrés prolongado impacta negativamente en el bienestar, el comportamiento y el rendimiento porcino, y altera su microbiota intestinal. Los microorganismos específicos identificados podrían servir como biomarcadores no invasivos para el estrés, informando potencialmente tanto sobre el bienestar animal como sobre mecanismos similares del eje intestino-cerebro relevantes para la investigación humana.