Se estudió la expresión de factores de transcripción WRKY y genes relacionados con la defensa de las plantas en las raíces del tomate apuliano cv Regina di Fasano (accesiones MRT y PLZ) colonizadas endofíticamente por y parasitadas o no por el nematodo de nudos radiculares (RKN). Se consideró el efecto sobre el crecimiento de la planta, el parasitismo del nematodo y el aspecto histológico de la interacción. La asociación de con plantas MRT parasitadas por RKN aumentó la biomasa total y el peso fresco de los brotes en comparación con plantas sanas y con aquellas solo parasitadas por RKN, sin el endófito. Sin embargo, la accesión PLZ no mostró diferencia significativa en los parámetros biométricos observados. El número de agallas inducidas por RKN por planta no se vio afectado por el endofitismo ocho días después de la inoculación. No se observaron cambios histológicos en los sitios de alimentación del nematodo en presencia del hongo. El análisis de expresión génica mostró una respuesta específica de la accesión a con activación diferencial de genes relacionados con WRKY. No se encontró un cambio significativo en la expresión en plantas parasitadas por nematodos en comparación con raíces de control, confirmando la susceptibilidad del cultivar. Los datos indican respuestas específicas del genotipo de los genes WRKY al parasitismo examinado en raíces con nematodos y/o endofíticos. A los 25 días después de la inoculación con, no se observó diferencia significativa en la expresión de genes relacionados con la defensa en ambas accesiones, sugiriendo que los genes relacionados con el ácido salicílico (SA) y el jasmonato (JA) no están activos durante el endofitismo.