Este estudio tiene como objetivo comparar la respuesta del microbioma-metaboloma fecal al sulfato de cobre (CuSO) y al glicinato de cobre (Cu-Gly) en cerdos. Doce hembras Meishan fueron asignadas al grupo CuSO y al grupo Cu-Gly (alimentadas con una dieta basal suplementada con 60 mg/kg de cobre de CuSO o Cu-Gly) emparejadas por camada y peso corporal. Después de un ensayo de alimentación de dos semanas, el grupo Cu-Gly tuvo una mayor digestibilidad del cobre, hemoglobina en sangre, volumen de plaquetas y niveles más altos de hierro plasmático e factor de crecimiento similar a la insulina-1 que el grupo CuSO. El tratamiento Cu-Gly aumentó la abundancia de la familia y los géneros y disminuyó la abundancia del filo y la familia en comparación con el tratamiento CuSO. Además, el grupo Cu-Gly tuvo una menor concentración de 20-Oxo-leucotrieno E4 y mayores concentraciones de ácido butírico, ácido pentanoico, ácido isopentanoico, cumarina y Nb-p-Coumaroyl-triptamina que el grupo CuSO. La abundancia de estaba correlacionada positivamente con el contenido de cobre fecal y negativamente con el contenido de ácido butírico fecal. La abundancia del género estaba correlacionada positivamente con el nivel de hierro plasmático y los contenidos fecales de cumarina y ácido butírico. En conclusión, Cu-Gly y CuSO podrían afectar de manera diferencial la microbiota fecal y los metabolitos, lo que contribuye parcialmente a la salud intestinal de los cerdos de diferentes maneras.