La demanda global creciente de alimentos ha impulsado un aumento tanto en la producción porcina como agrícola, aunque los desechos de cerdos representan un riesgo ambiental significativo. Este estudio empleó técnicas de mapeo elemental para evaluar los efectos de la irrigación con desechos de cerdos en la distribución espacial y concentración de elementos esenciales y no esenciales, así como en las respuestas morfológicas de plántulas de chile habanero (Jacq.). Se probaron seis tratamientos, que iban desde 0% hasta 100% de desechos de cerdos (T1 = 20%, T2 = 40%, T3 = 60%, T4 = 80%, T5 = 100%, y T6 = control con fertilización convencional), utilizando un diseño completamente al azar con cinco repeticiones. Se evaluaron la emergencia, distribución elemental, morfología y calidad de las plántulas. Los porcentajes y tasas de emergencia más altos se observaron en el tratamiento de desechos al 20% y en los grupos de control. Los tratamientos de desechos diluidos promovieron la absorción de potasio y calcio, lo que se correlacionó con un crecimiento y vigor mejorados de las plántulas, mientras que la irrigación con un 100% de desechos llevó a una acumulación excesiva de cloro y azufre, afectando negativamente la morfología. Estos resultados indican que la dilución controlada de los desechos de cerdos optimiza la disponibilidad de nutrientes y el desarrollo de las plántulas, ofreciendo una alternativa ambientalmente sostenible para producir plántulas de chile habanero de alta calidad. Este estudio proporciona nuevas perspectivas sobre las implicaciones ambientales de la reutilización de desechos de cerdos a través del mapeo elemental, destacando su potencial para apoyar la agricultura sostenible y regenerativa.