Los microorganismos del suelo juegan un papel importante en la determinación del ciclo de nutrientes. La integración de peces en los campos de arroz puede influir en la diversidad y la composición estructural de las comunidades microbianas del suelo. Sin embargo, en lo que respecta al sistema de cultivo de arroz y peces (RF) en Tailandia, el estudio de la diversidad y composición de los microbios del suelo sigue siendo limitado. Aquí, nuestro objetivo es comparar la diversidad microbiana, la composición de la comunidad y la estructura funcional de las comunidades bacterianas entre los sistemas de cultivo RF y monocultivo de arroz (MC) e identificar los factores ambientales que moldean la composición de la comunidad bacteriana. La taxonomía bacteriana se observó utilizando la secuenciación de amplicones del gen 16s rRNA, y las estructuras funcionales de las comunidades bacterianas se predijeron en función de su taxonomía y secuencias. Los resultados mostraron que el carbono orgánico del suelo, el nitrógeno total (TN), la materia orgánica, el fósforo disponible y el contenido de arcilla fueron significativamente más altos en RF que en MC. Los taxones más dominantes en ambos campos de arroz pertenecían a Actinobacteria, Chloroflexi, Proteobacteria, Acidobacteria y Planctomycetes. Los taxones Nitrosporae, Rokubacteria, GAL15 y Elusimicrobia fueron significativamente diferentes entre ambos campos de arroz. A nivel de género, , , y HSB OF53-F07 fueron los géneros predominantes en ambos campos de arroz. El género más abundante en MC fue , mientras que RF pertenecía a . La composición de la comunidad en MC se correlacionó positivamente con el contenido de magnesio y arena, mientras que en RF se correlacionó positivamente con el pH, TN y el contenido de arcilla. La fijación de nitrógeno, la degradación de compuestos aromáticos y la degradación de hidrocarburos fueron más abundantes en RF, mientras que los grupos funcionales de celulólisis, nitrificación, ureólisis y fototrofía fueron más abundantes en MC. Las enzimas involucradas en los ecosistemas de suelos de arroz incluyeron fosfatasa, beta-glucosidasa, celulasa y ureasa. Estos resultados proporcionan nuevas perspectivas sobre la integración de peces en el campo de arroz como una estrategia de desarrollo agrícola eficiente para mejorar los microorganismos del suelo que aumentan la fertilidad del suelo.