El ciervo Sika, una especie principalmente distribuida en el noreste de Asia, tiene un valor económico significativo en China debido a sus contribuciones a la medicina tradicional china. Se necesita una investigación sistemática de su estructura genética para la gestión de poblaciones. En este estudio, se utilizaron fragmentos del genoma mitocondrial y de los genes AMELY, DBY, USP9Y y SRY en el cromosoma Y para elucidar la estructura genética de 303 individuos de 8 poblaciones distintas. El análisis del mitosoma identificó 72 haplotipos, con una diversidad de haplotipos (Hd) de 0.917 y una diversidad de nucleótidos () de 0.0143, respectivamente. Mientras tanto, 13 haplotipos fueron definidos por genes del cromosoma Y con un Hd de 0.791. El análisis de la región de control mitocondrial (CR) reveló patrones específicos de subespecies en la organización de unidades de repetición en tándem entre grupos continentales y japoneses. Los análisis del cromosoma Y demostraron una línea paterna homogénea en las poblaciones japonesas.