Los virus de la influenza aviar (AIV), que circulan endémicamente en aves acuáticas silvestres, representan una amenaza significativa para la avicultura y generan preocupaciones por su potencial zoonótico. Desde agosto de 2021 hasta abril de 2022, se llevó a cabo un estudio transversal multicéntrico que involucró el monitoreo epidemiológico activo de AIV en humedales de la región de Emilia-Romaña, en el norte de Italia, adyacente a áreas avícolas densamente pobladas. Se recolectaron un total de 129 muestras de hisopos cloacales (CS) y 407 muestras de excrementos aviares (FD), con 7 CS (5.4%) y 4 FD (1%) que dieron positivo para el gen matriz de AIV a través de rRT-PCR. Se aplicó un protocolo de codificación COI para reconocer las especies de origen de los FD positivos para AIV. Se identificaron múltiples subtipos de AIV de baja patogenicidad, y cinco de estos fueron aislados, incluyendo un H5N3, un H1N1 y tres H9N2 en patos silvestres. Tras la secuenciación del genoma completo, los análisis filogenéticos de las cepas obtenidas mostraron relaciones genéticas cercanas con AIV detectados en países a lo largo de la ruta migratoria del Mar Negro/Mediterráneo. Notablemente, ninguno de los segmentos de genes analizados estaba genéticamente relacionado con los virus HPAI H5N1 del clado 2.3.4.4b aislados de la avicultura italiana durante la epidemia concurrente de 2021-2022. En general, la diversidad genética de AIV detectada enfatiza la necesidad de un monitoreo continuo en hospedadores silvestres utilizando diversas estrategias de muestreo y secuenciación del genoma completo.