La demanda de soja negra (Glycine max (L.) Merr.) con cotiledones verdes está aumentando debido a sus beneficios para la salud. Por lo tanto, es importante comprender la diversidad genética de los germoplasmas de soja negra y desarrollar una nueva variedad de soja. Este estudio tuvo como objetivo evaluar la diversidad genética entre 469 germoplasmas de soja negra con cotiledones verdes basados en rasgos de composición de semillas. Se analizaron veinte rasgos de composición de semillas para realizar análisis de correlación, análisis de componentes principales (PCA) y análisis de conglomerados, lo que indicó que los germoplasmas de soja negra se dividieron en cuatro grupos. Los germoplasmas de soja negra en el grupo 1 tenían mayor contenido de grasa cruda, luteína, clorofila, clorofila y contenido total de clorofila, pero menor contenido de cianidina-3-glucósido que los de los grupos 2 y 3. Sin embargo, los germoplasmas en los grupos 2 y 3 tenían el contenido más alto de cianidina-3-glucósido. Además, los germoplasmas en el grupo 1 tenían significativamente mayor contenido de ácido palmítico que los de los grupos 2 y 3. Los germoplasmas en los grupos 2 y 3 tenían un contenido relativamente alto de ácido alfa-linolénico. Los germoplasmas en el grupo 4 tenían el mayor contenido de ácido oleico. Este estudio destaca la diversidad genética de los germoplasmas de soja negra con diferentes rasgos de composición de semillas, y los resultados de este estudio pueden ser beneficiosos para los programas de mejora de la soja, permitiéndoles desarrollar nuevas variedades de soja negra con cotiledones verdes y rasgos de composición de semillas mejorados.