La diversidad genética de las variedades locales de pera prospectadas en áreas montañosas del noreste de España (Pirineos y Cordillera Ibérica) aún no se conoce bien. En este estudio, un conjunto total de 252 accesiones (178 prospectadas en áreas montañosas de Aragón y un conjunto diverso de 74 cultivares de referencia) fue analizado utilizando 14 SSRs para estimar su diversidad genética e identificar la estructura genética y las relaciones entre el germoplasma de pera estudiado. Se amplificaron con éxito un total de 251 alelos distintos con un promedio de 17.9 alelos por locus y con una amplia diversidad genética (heterocigosidad esperada media de 0.82). En total, se identificaron 228 genotipos únicos y 210 genotipos estaban representados por una sola accesión, lo que indica una situación de extrema vulnerabilidad de estos recursos genéticos de pera mantenidos en la colección del CITA. Un 32.9% de las accesiones fueron consideradas triploides, mostrando tres alelos como mínimo en al menos dos loci. Los análisis genéticos realizados mediante un procedimiento bayesiano basado en modelos, análisis de coordenadas principales y análisis de varianza molecular respaldaron la presencia de una estratificación genética con la existencia de cuatro subgrupos entre las accesiones, con una diferenciación altamente significativa (F = 0.132; < 0.001). Estos resultados arrojan luz sobre la caracterización y la relación genética entre estas accesiones locales y los cultivares de pera actualmente cultivados, y resaltan la importancia de salvaguardar esta diversidad que podría ser esencial para nuevos programas de cría.