La diversidad genética y las relaciones de 54 terebintos silvestres (L.) se determinaron utilizando 40 marcadores SSR (secuencia simple repetida) (38 marcadores SSR polimórficos in silico y 2 marcadores SSR). En el análisis de SSR polimórficos in silico, se identificaron 430 alelos. El número de alelos por locus varió de 3 a 25 con un valor medio de 11 alelos por locus. Los valores del contenido de información de polimorfismo (PIC) variaron de 0.34 (CUPOhBa4344) a 0.91 (CUPSiBa4072) con un valor medio de PIC de 0.68. Las distancias genéticas se estimaron según el método UPGMA (Método de Agrupamiento de Pares no Ponderado con Promedio Aritmético), la Estructura y Coordenadas Principales (PCoA) basadas en agrupamiento. El análisis de estructura y el agrupamiento UPGMA de los genotipos mostraron dos grandes grupos. Los resultados de PCoA respaldaron los resultados del análisis de agrupamiento. El dendrograma reveló dos grandes grupos. Cuarenta y dos muestras se obtuvieron del cañón de Kazankaya y 12 muestras de la región de Karanlkdere. Las dos regiones están separadas por 130 km, pero en el dendrograma no encontramos aislamiento geográfico. Los resultados demostraron la eficacia de los SSR para el análisis de la diversidad genética en el terebinto. Basándose en los resultados, los SSR pueden aplicarse como una herramienta confiable para la evaluación de la diversidad genética en genotipos de terebinto. El análisis molecular de los genotipos de terebinto en este estudio promoverá la colección de germoplasma y la selección de las poblaciones en futuros estudios sobre terebintos para la cartografía genética, diversidad genética, caracterización del germoplasma y cría de portainjertos.