Los ciliados son un componente importante de la comunidad de microorganismos de la rizósfera, pero su contribución nutricional a las plantas no se ha revelado completamente. En este trabajo, investigamos la comunidad de ciliados de la rizósfera de las papas durante seis etapas de crecimiento, ilustramos la dinámica espacio-temporal de la composición y diversidad, y analizamos la correlación entre las propiedades fisicoquímicas del suelo. Se calcularon las contribuciones de los ciliados a la nutrición derivada del carbono y nitrógeno de las papas. Se identificaron quince especies de ciliados, con mayor diversidad en la capa superior del suelo, que aumentó a medida que las papas crecían, mientras que eran más abundantes en el suelo profundo, y el número disminuyó a medida que las papas crecían. El mayor número de especies de ciliados apareció en julio (etapa de plántula). Entre las cinco especies clave de ciliados, la sp. fue la especie dominante en las seis etapas de crecimiento. Múltiples propiedades fisicoquímicas afectaron a la comunidad de ciliados de la rizósfera, siendo el nitrógeno amoniacal (NH-N) y el contenido de agua del suelo (SWC) los que influyeron en gran medida en la abundancia de ciliados. Los factores de correlación clave de la diversidad de ciliados fueron NH-N, fósforo disponible (AP) y materia orgánica del suelo (SOM). Las tasas de contribución promedio anual de carbono y nitrógeno por ciliados de la rizósfera a las papas fueron del 30.57% y 23.31%, respectivamente, con las tasas de contribución C/N más altas alcanzando el 94.36% y 72.29% en la etapa de plántula. Este estudio estableció un método para estimar las contribuciones de carbono y nitrógeno por ciliados a los cultivos y encontró que los ciliados podrían ser organismos potenciales de fertilizante orgánico. Estos resultados podrían utilizarse para mejorar la gestión del agua y nitrógeno en el cultivo de papas y promover la agricultura ecológica.