Las comunidades microbianas del suelo están involucradas en el mantenimiento de la productividad y la salud de los sistemas agrícolas; por lo tanto, una comprensión adecuada de la biodiversidad del suelo juega un papel clave en garantizar el uso sostenible del suelo. En el presente estudio, evaluamos la influencia de diferentes sistemas de cultivo en la biodiversidad de las comunidades bacterianas del suelo, basándonos en un experimento de campo de 54 años establecido en Martonvásár, Hungría. Se utilizó la técnica de polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción terminal (T-RFLP) para evaluar la diversidad bacteriana del suelo y la estructura de la comunidad en monocultivo de maíz y tres rotaciones de cultivos diferentes (maíz-alfalfa, maíz-trigo y el tipo Norfolk de maíz-cereal-guisantes-trigo). No se detectaron diferencias en riqueza y diversidad entre el monocultivo de maíz y las rotaciones de cultivos, excepto para el sistema de rotación más intenso (tipo Norfolk). Aunque el análisis de componentes principales no reveló una separación clara entre el monocultivo de maíz y los otros sistemas de rotación, las pruebas de similitud de análisis de similitud (ANOSIM) revelaron que existen diferencias significativas en la composición de las comunidades bacterianas entre el monocultivo de maíz y la rotación maíz-alfalfa, así como entre la rotación trigo-maíz y el tipo Norfolk.