La estrategia de la institucionalización y desarrollo de aglomeraciones empresariales, en cualquiera de sus aspectos analíticos (distrito industrial, sistema de producción local, clúster, etc.), no ha tenido grandes resultados en las regiones españolas con baja densidad empresarial, probablemente debido a la dificultad de encontrar un marco de implementación adecuado en términos administrativos, geográficos e institucionales. Basándonos en las limitaciones presentadas por las metodologías de identificación de aglomeraciones empresariales en territorios de baja densidad empresarial, en este trabajo proponemos algunas correcciones metodológicas que permitan reconciliar estas realidades económicas con el marco institucional y geográfico que ofrecen los grupos de acción local (GAL). Esta reconciliación es una herramienta útil para aprovechar las economías de aglomeración y, en consecuencia, explorar las posibilidades de desarrollo endógeno en las áreas rurales, de modo que pueda ser un factor a tener en cuenta al planificar y ejecutar la estrategia pública de desarrollo local y rural. Finalmente, se presentan los resultados obtenidos para el caso específico de Extremadura, la única región española catalogada como menos desarrollada en las políticas europeas de desarrollo rural.