En los rumiantes, la suplementación con cantidades adecuadas de aminoácidos mejora el crecimiento, la eficiencia en la utilización de alimentos y la productividad. Este estudio tuvo como objetivo evaluar los efectos de diferentes relaciones de Lis/Met en la comunidad microbiana ruminal y el perfil metabólico en ovejas tibetanas utilizando secuenciación de 16S rDNA y metabolómica no dirigida. Carneros tibetanos de noventa y dos meses (peso inicial = 15.37 +/- 0.92 kg) fueron divididos en tres grupos y alimentados con lisina/metionina (Lis/Met) de 1:1 (LP-L), 2:1 (LP-M) y 3:1 (LP-H) en una dieta baja en proteínas, respectivamente. Resultados: El T-AOC, GSH-Px y SOD fueron significativamente más altos en el grupo LP-L que en los grupos LP-H y LP-M (< 0.05). La actividad de celulasa fue significativamente mayor en el grupo LP-L que en el grupo LP-H (< 0.05). En los parámetros de fermentación, la concentración de ácido acético fue significativamente mayor en el grupo LP-L que en el grupo LP-H (< 0.05). El análisis de secuenciación microbiana mostró que los indicadores Ace y Chao1 fueron significativamente más altos en LP-L que en LP-H y LP-M (< 0.05). A nivel de género, la abundancia de flora fue significativamente mayor en LP-L que en el grupo LP-M (< 0.05). Los análisis de metabolómica no dirigida revelaron que los niveles de ácido fosfórico, pirocatecol, ácido hidrocínnamico, banzamida, -gulono-1,4-lactona, cis-jasmona, Val-Asp-Arg y contenido de tropinona fueron más altos en LP-L. Sin embargo, los niveles de -citrulina y purinas fueron más bajos en el grupo LP-L que en los grupos LP-M y LP-H. Los contenidos de banzamida, cis-jasmona y Val-Asp-Arg estaban positivamente correlacionados con los contenidos fenotípicos, incluyendo T-AOC, SOD y celulasa. El contenido de ácido fosfórico estaba positivamente correlacionado con las actividades de celulasa y lipasa. En conclusión, la relación Met/Lis de 1:1 en dietas bajas en proteínas mostró un estado antioxidante superior y actividad de celulasa en el rumen al modular la microbiota y el metabolismo de las ovejas tibetanas.