El proceso de ciclo del nitrógeno en los humedales alpinos se ve profundamente afectado por los cambios en la precipitación, sin embargo, el mecanismo de respuesta dinámica de los desnitrificadores a los cambios de precipitación a largo plazo en el humedal alpino de la meseta Qinghai-Tíbet sigue siendo enigmático. Utilizando un análisis de secuenciación de alto rendimiento de genes funcionales tipo nirS, este estudio profundizó en el mecanismo de respuesta dinámica de los desnitrificadores tipo nirS a los cambios de precipitación en el humedal alpino del Lago Qinghai. Los hallazgos revelaron que los desnitrificadores tipo nirS en el humedal alpino del Lago Qinghai eran principalmente Proteobacterias, y la diversidad alfa mostró una correlación negativa con el gradiente de precipitación, con procesos deterministas predominando en la asamblea de la comunidad de microbios desnitrificadores. Un aumento del 50% en la lluvia cambió el proceso de asamblea de la comunidad de desnitrificadores de determinista a estocástico. La microflora dominante a nivel de género respondió significativamente a los cambios de precipitación, con bacterias aeróbicas constituyendo la mayoría de los taxones diferencialmente abundantes (55.56%). A medida que aumentaba la precipitación, la complejidad de la red de interacción microbiana disminuía, y una reducción del 25% en la precipitación elevó notablemente la abundancia relativa de tres grupos funcionales clave: quimioheterótrofos, quimioheterótrofos aeróbicos y fijación de nitrógeno. La precipitación emergió notablemente como el principal regulador de los desnitrificadores tipo nirS en el humedal alpino del Lago Qinghai, representando el 51% de la variación en la composición de la comunidad. En resumen, este estudio ofrece una nueva perspectiva para investigar los procesos ecológicos del ciclo del nitrógeno en los ecosistemas alpinos al examinar la diversidad y la composición de la comunidad de desnitrificadores tipo nirS en respuesta a los cambios de precipitación.