Wannanhua (WH) es una raza de cerdo indígena de la provincia de Anhui, China. Esta raza tiene un alto contenido de grasa intramuscular (IMF), lo que la convierte en un modelo ideal para investigar los mecanismos de deposición de lípidos en cerdos. El contenido de IMF es uno de los principales indicadores de la calidad de la carne en cerdos y está regulado por múltiples genes y vías metabólicas. Basándose en nuestra investigación transcriptómica previa, el presente estudio se centró en el tejido muscular longissimus dorsi de cerdos Wannanhua (WH) en las etapas de rápida deposición de grasa (120 y 240 días de edad). Empleando un análisis proteómico cuantitativo libre de etiquetas 4D, identificamos 106 proteínas expresadas diferencialmente (DEPs). Se utilizó la tecnología de monitoreo de reacciones paralelas (PRM) para verificar las DEPs, y los resultados mostraron que los resultados libres de etiquetas 4D eran confiables y válidos. Los análisis de enriquecimiento funcional e interacción proteína-proteína mostraron que las DEPs estaban principalmente involucradas en las proteínas estructurales asociadas al músculo esquelético, mitocondrias, metabolismo energético y metabolismo de ácidos grasos. Al integrar datos transcriptómicos, identificamos siete genes candidatos, incluyendo ACADL, ACADM, ANKRD2, MYOZ2, TNNI1, UCHL1 y ART3, que desempeñan un papel regulador en la deposición de grasa y el desarrollo muscular. Estos hallazgos establecen una base teórica para futuros análisis de rasgos de deposición de lípidos, contribuyendo a posibles mejoras en la calidad de la carne de cerdo durante la cría y avanzando en el proceso de selección de razas indígenas chinas.