El pollo de hueso negro de Lueyang, un recurso avícola significativo en China, exhibe un valor medicinal único y una adaptabilidad ecológica. Este estudio investiga los efectos de los sistemas de crianza en jaula (CR) y sin jaula (CF) sobre la morfología intestinal, los metabolitos intestinales y la microbiota intestinal de los pollos de hueso negro de Lueyang, aclarando así la relación crítica entre los métodos de crianza y la salud intestinal. En un análisis comparativo, observamos que el grupo CF mostró un aumento significativo en las células inflamatorias intestinales, acompañado de niveles elevados de lisofosfatidilcolina (LPC) en el intestino. Por el contrario, el grupo CR mostró una regulación al alza de los ácidos grasos poliinsaturados omega-3 y los metabolitos de ácidos biliares, que tienen efectos antiinflamatorios, en el metabolismo del colesterol y en la mejora de la barrera inmune. Esta investigación proporciona una base científica para optimizar la crianza avícola al examinar la red de interacción metabolito-microbiota.