El entorno prenatal se reconoce como crucial para el rendimiento postnatal en el ganado. En las regiones tropicales, las vacas de carne embarazadas comúnmente experimentan restricciones nutricionales durante la segunda mitad del período de gestación. Así, el presente estudio fue diseñado para analizar la interacción genotipo por entorno prenatal (G x Epn) e identificar regiones genómicas asociadas con el nivel y la respuesta en rasgos relacionados con el crecimiento y la reproducción del ganado de carne ante cambios en el entorno prenatal. Se aplicó un modelo de norma de reacción a datos de dos rebaños de Nelore utilizando las soluciones de grupos contemporáneos para el peso al nacer como variable descriptora de la calidad del entorno gestacional. Un mejor entorno gestacional favoreció los pesos hasta el destete, la circunferencia escrotal en el año y los días hasta el primer parto de la descendencia. El G x Epn fue lo suficientemente fuerte como para resultar en heterogeneidad de componentes de varianza y parámetros genéticos, además de reordenar los valores de cría estimados y los efectos de los SNPs. Se revelaron varias regiones genómicas asociadas con el nivel de rendimiento y respuestas específicas de los animales a variaciones en el entorno gestacional, que albergan QTLs y pueden ser explotadas con fines de selección. Por lo tanto, se recomiendan modelos de evaluación genética que consideren G x Epn y un manejo especial y cuidado nutricional para las vacas embarazadas.