El desarrollo verde es un camino principal para que los puertos y las ciudades logren una transición baja en carbono bajo los Objetivos de Desarrollo Sostenible y una poderosa fuerza impulsora para elevar las relaciones puerto-ciudad regionales a un alto nivel de coordinación. En este documento, se seleccionaron veinte ciudades portuarias en el Delta del Río Yangtsé (YRD) y se calculó la eficiencia ambiental portuaria (PEE) a través del modelo SBM de ventana, mientras que se utilizó el modelo EW-TOPSIS para evaluar el desarrollo económico urbano de alta calidad (HED). Se utilizaron el modelo de grado de coordinación de acoplamiento (CCD), el modelo de densidad central, el análisis espacial GIS y el modelo de predicción gris para explorar más a fondo la evolución dinámica espacial-temporal y la predicción del CCD entre PEE y HED. Los resultados sugieren que: (1) la fluctuación de PEE en el YRD está aumentando, con una tendencia de que los puertos marítimos logren una PEE más alta que los puertos fluviales; (2) el HED en el YRD muestra tendencias al alza, y la polarización de ciudades individuales es evidente; (3) Temporalmente, el CCD en el YRD ha aumentado de 0.438 a 0.518. Shanghái mantiene consistentemente una coordinación intermedia, y Jiangsu ha experimentado el aumento más significativo en CCD. Espacialmente, el CCD es liderado por Lianyungang, Suzhou, Shanghái y Ningbo-Zhoushan, mostrando un patrón de distribución decreciente de este a oeste. La proyección para 2026 sugiere que todas las ciudades portuarias dentro del YRD habrán transitado a una fase de desarrollo ordenado. Para mejorar el nivel de coordinación en el YRD, los responsables de políticas deben considerar el YRD como un todo para posicionar funcionalmente los puertos y gestionarlos jerárquicamente, utilizar los puertos para descomponer las fronteras de recursos para promover la división del trabajo sinérgico entre las ciudades y luego inclinar los recursos hacia Anhui.